Zadnji radijski stik je nakazoval, da imata težave z navigacijo in gorivom. Kmalu zatem je letalo izginilo z radarjev, ameriška mornarica pa je sprožila eno največjih iskalnih akcij tistega časa. Kljub ogromnemu območju iskanja niso našli skoraj ničesar.
Najbolj sprejeta teorija pravi, da je letalu zmanjkalo goriva in je strmoglavilo v ocean blizu otoka Howland, kamor sta bila namenjena. Veliko zgodovinarjev meni, da je to najbolj verjetna razlaga.
A skozi desetletja so se pojavile tudi bolj skrivnostne teorije. Nekateri verjamejo, da je Amelia pristala na oddaljenem otoku Nikumaroro in tam umrla kot brodolomka. Drugi trdijo, da naj bi jo zajeli Japonci ali da je celo preživela pod drugo identiteto.
Raziskovalci so na različnih otokih našli predmete, ki bi lahko bili povezani z njo, vendar dokončnega dokaza še vedno ni.
Prav zato njeno izginotje ostaja ena največjih skrivnosti 20. stoletja – zgodba, kjer meja med zgodovino in mitom še danes ni povsem jasna.
